第一，在思想认识层面，基层领导干部仍有思想顾虑，农民群众对确权工作的认知度较低。当前不少基层领导干部甚至部分市县领导干部，对这项工作的认识还不够到位。一些地方尤其是党政主要负责人还不同程度地存在“三怕”，即怕确权工作会引起农村长期积累的矛盾集中发生，怕确权工作会对今后征地工作增加难度，怕确权工作会对原来已经获得流转土地经营权的经营者造成影响，因而推进确权工作不主动、不积极、慢作为，成为当前部分试点县（镇）开展工作的最大障碍。珠三角地区和粤东片基层干部求稳怕乱的思想顾虑依然严重，对农村土地确权工作普遍持谨慎态度，宣传工作不够积极主动，试点工作比较被动，群众对确权的“愿望”与政府对确权的“顾虑”形成鲜明的反差。
　　第二，在政策法规层面，如何坚持好确地为主的原则是珠三角核心区和不少城镇郊区确权工作需要解决的重大课题。因历史原因，这些地区没有严格落实土地管理和承包政策，现有土地承包经营关系错综复杂，农地非农化用途比重高，农民确权确地到户意愿强烈。这些地方“人地矛盾”也较为突出，早期外出返乡人员、“外嫁女”、“入赘男”等特殊群体争相要地，而现实情况则是无地可分。此外，一些地方在承包期内对土地承包关系进行不断调整，虽然不符合法律政策规定，但群众认可既成事实。个别地方村集体以维持公共开支为由，超标准长时间预留机动地，与民争利。这些都增加了确权登记颁证工作的复杂性和艰巨性。
　　第三，在制度设计层面，亟需用系统的思维、全域的理念予以通盘考虑，需要部门间分工协作、密切配合予以统筹推进。确权登记颁证工作牵涉面广，各地情况千差万别，镇镇不同、村村各异，具体工作中碰到的问题，因受历史和现实因素叠加影响，错综复杂，用一个标准、一个模式不可能很好解决。不少问题牵涉到多方面，单靠某一个部门很难协调处理，如对珠三角核心区和部分城市郊区已实际改变用途的耕地如何确权，就可能牵涉到征地制度、“三旧”改造、集体经济收益分配制度、失地农民社会保障制度等方方面面，必须通过部门联动，统筹研究解决办法。此外，农村产权制度、乡村治理等方面的配套措施也必须同时跟进。
　　第四，在具体工作层面，亟需协调落实市县财政补助经费和1：2000航拍影像图。广东省耕地地形地貌复杂、地块零星分散，确权成本高，特别是财政相对紧张的粤东西北地区确权的耕地多，所需经费投入大。虽然国家财政每亩给予10元补助，省财政也明确除珠三角地区外，对各县（市、区）按每亩10元（江门开平、台山按每亩7元）标准给予补助，但粤东西北地区各县（市、区）确权经费缺口依然较大。此外，按照国家规程标准要求，需要1：2000航拍影像图为基础依据，但前期试点工作中不少地区主要采取小飞机拍摄获取影像图，拍摄成本高，质量难保障，工作进度慢，亟需尽快组织统一航拍，免费提供使用。经多方协调和努力，全省统一航拍工作已开始启动。